而在此时，处于对抗苏联和其他目的，不少国际组织帮了纳粹战犯的大忙，帮助他们逃离欧战，摆脱惩罚。2011年，美国哈佛大学研究员史坦纳契尔引据国际红十字会大批未公开的内部文件，撰成新书《纳粹在逃：希特勒的刽子手如何逃离欧洲》。新书披露，二次大战结束后，国际红十字会与梵蒂冈曾帮助数以千计纳粹战犯逃脱同盟国的追缉，前往外国展开新生活。
该书估计，光是1947年，就有约8000名前纳粹“党卫军”使用国际红十字会核发的文件，逃到英国与加拿大。该书另指称，梵蒂冈基于期盼基督教再度一统欧洲与恐惧苏联的心理，在知情下通过其难民委员会提供纳粹战犯假文件，协助他们逃脱。国际红十字会核发难民旅行文件时，也大量参酌梵蒂冈的资料。
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西班牙是第一个纳粹分子活跃的逃亡中心。1946年，数百战犯和数千纳粹分子藏身西班牙。梵蒂冈对于移交这些寻求庇护者非常消极。教宗不愿意看到这些人被关在盟军战俘营中，而是把他们送上开往南美洲的轮船。
在意大利，同情纳粹的天主教牧师阿洛易斯.哈德尔帮助数名纳粹高官逃脱审判。部分纳粹官员已经处于盟军的拘留之下，由于没有确认身份的文件，他们都使用假名登记。哈德尔牧师认为自己协助纳粹官员使用假身份逃亡是遵从上帝的旨意。这些假身份文件来源于梵蒂冈难民组织，尽管这些身份文件并不是护照，但是可以用来申请并获得红十字会国际委员会发出的个人护照。理论上，红十字会应该对这些申请人进行背景调查，但实际上都是牧师或者主教的一句话决定。另外，还有人伪造甚至偷窃红十字会的文件来制作假身份。
根据已经解密的文件，在意大利帮助纳粹的牧师不止哈德尔一个人。神父约瑟夫.高勒夫利用自己经营慈善机构的身份，为数名匈牙利纳粹提供合法的红十字会护照。
规模最大的逃亡网络是由圣方济各会的克罗地亚牧师们组织的。这是一条精心挑选的路线，从奥地利到意大利港口城市热那亚。一些纳粹分子和乌斯塔沙成员（克罗地亚的纳粹组织）藏身奥地利，克罗地亚牧师们帮助他们穿过边境达到意大利。并为他们提供住宿，通常是在修道院，再安排从热那亚乘船达到南美。
这些举动自然引起了当地盟军的怀疑，梵蒂冈的高级官员拒绝了英国宪兵的搜查，并否认利用教堂庇护纳粹战犯。梵蒂冈外交官宣称这些牧师的行为只能代表他们自己，不能代表梵蒂冈的立场。
美国情报机构对此也是睁一只眼闭一只眼。这些从苏联占领区逃出来的战犯，按理说美国应该将他们交还给苏联。但是美国一方面担心他们在苏联受到不公正的审判，另一方面也希望利用这个渠道招募纳粹科学家为其效力。