为了彻底消灭游击队的活动基础，基钦纳下令先后将13.6万名布尔人妇女，儿童和老人以及8万多黑人仆役统统从被焚毁的农场上抓走，用敞蓬货车或牛车运到一起，关进集中营。
南非的集中营首创于1900年9月，起初是收容那些家园被焚毁的布尔军人家属的难民营，基钦纳在1901年将其改造为关押所有布尔平民的集中营。南非境内的集中营有50多座，分布在开普、德兰士瓦、奥兰治和纳塔尔的铁路线两侧，以及约翰内斯堡、布隆方丹、德班等大城市近郊。集中营内实行严格而苛刻的配给制度。每人每天0.75磅澱粉（約340公克，可能是玉米粉、麵粉、白米或馬鈴薯），一盎司咖啡（約28.35公克），两盎司砂糖，半盎司食盐，每周一磅肉（游击队亲属，妇女、儿童亦不給肉）。婴儿和六岁以下的儿童每天可以领到四分之一夸脱的牛奶。黑人集中营的情况更糟，但是他们可以得到黑人亲友的接济，也可以在宣誓效忠英国后被释放。集中营的四周环绕铁丝网，凡有试图翻越逃跑者一律射杀。集中营内人口密度极高，营养不良，帐篷、毯子、衣服和药物奇缺，瘟疫流行，死亡率极高，奥兰治地区白人集中营的死亡率在1901年10月曾高达40.1%。
在英国集中营里，被埃米莉·霍布豪斯访问的Lizzie van Zyl。
集中营的高死亡率严重动摇了布尔人的士气，同时也使英国人的形象在全世界面前一落千丈。英国妇女埃米莉·霍布豪斯为集中营的状况所震惊，向国内提交了一份长达15页的报告，描述了集中营内的惨状。霍布豪斯小姐被英国政府宣布为“祖国的敌人”，立即逮捕并驱逐出境。但是她回欧洲后坚持斗争，得到了广泛的支持。在野的自由党以青年的威尔士民族主义者大卫·劳合-乔治为首，猛烈抨击保守党和陆军的野蛮政策。瑞士、德国、荷兰、法国、美国派出了视察人员，欧美各国向集中营内的平民捐赠了大量物资。在国际和国内舆论的强大压力下，英国国会不得不派出调查团前往南非。在对基钦纳和集中营官员进行了严厉的批评后，集中营的配给和医疗条件方得以改善，死亡率迅速跌落到2%。
整个布尔战争期间，死在集中营内的布尔平民共有27927人，其中包括1676名老人，4177名妇女和22074名儿童。
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